SRM&MRM
非靶向蛋白质组学定量技术受限于生物样本的复杂性，低丰度的多肽信号容易被高丰度的所抑制，因此难以检测低丰度的多肽，灵敏度低且具有随机性，定量重复性也较低。随着蛋白质组学研究的深入，差异蛋白质组学越来越受到人们的青睐，差异蛋白质分析能发现潜在疾病标志物，加快代谢组学的临床应用步伐。靶向蛋白质组学定量（又被称为目标蛋白质组学定量）技术可以弥补上述非靶向定量组学定量的不足，具有高通媪、高准确性、可重复性的优点，基于早期的差异蛋白质组／转录组／基因组的数据，在大生物样本最中，验证这些标志物。靶向蛋白质组学定量主要包括MRM/SMR和PRM。靶向蛋白质组学定量技术可用于信号传导通路检测、肿瘤标志物研究和翻译后修饰研究是基于抗体的蛋白质定量技术以外的另一种快速、高效蛋白质靶向定量技术。
多重反应监测技术(multiple reaction monitoring, MRM)在早期文献中又被称为选择反应监测技术(selected reaction monitoring, SRM)。 该技术本质上是一种质谱的扫描模式， 基于目标蛋白质的特定母离子和子离子对，选择采集符合目标离子规则的信号，去除不符合规则的信号干扰，进行高灵敏度、高准确性和特异性的靶向蛋白质定量。MRM质谱分析主要包括三个阶段：（1）一级质谱扫描筛选出与目标分子特异性一致的母离子；（2）碰撞碎裂母离子，去除干扰离子；（3）只采集来自选定的特异离子的质谱信号。可以基于理论预测（如MRMpilot等软件）或者真是实验结果选择母子离子对。
该技术最大限度排除了其他离子的干扰影响，显著提高了靶向肽段的信噪比和对目标肽段定性和定量检测的灵敏度及可重复性，被认为是基于质谱技术的蛋白质定量的“金标准”，特别适合进行标志蛋白的高通量监控。通过在样本中加入已知含量的同位素标记肽段作为内参，MRM技术还可用于目标蛋白质的绝对定量。
SRM / MRM应用:
1.iTRAQ差异蛋白的验证;
2.验证后续无标记差异蛋白;
3.蛋白质和肽绝对定量
4.量化疾病标记物，建立诊断模型;
5.磷酸化蛋白定量、甲基化蛋白定量;
6.其他翻译后修饰蛋白定量;
7.路径的定量分析
