Blue native (BN) PAGE[或native PAGE或高分辨率Clear native PAGE (hrCN-PAGE)]是一种天然凝胶方法，可以分析处于折叠状态的蛋白质。在2D BN(或N或hrCN)/SDS-PAGE分析中，蛋白质分析采用BN- page维和SDS-PAGE维。2D BN(或N或hrCN)/SDS-PAGE已被证明是蛋白质复合物分析的有用工具。它可以提供样品的大小、数量、蛋白质组成、化学计量和相对丰度等信息。HIT提供了一种通过2D Blue Native(或Native或高分辨率Clear Native)/ SDS-PAGE全面分析蛋白质复合物亚基的方法。
在生物膜中，许多蛋白质被组织成复合物。HIT提供了一种通过二维Blue Native(或Native或高分辨率Clear Native) / SDS-PAGE分析这些蛋白复合物亚基的全局分析方法。在2D BN(或Native或high resolution Clear Native) / SDS-PAGE分析中，用蓝色Native聚丙烯酰胺凝胶电泳(BN- page)对样品进行第一维分析，然后用SDS-PAGE对样品进行第二维90度的分离。
BN-PAGE(或Native-PAGE或高分辨率Clear Native PAGE)为蛋白质复合物的高分辨率分离提供了技术手段。blue native电泳协议用于确定蛋白复合物的大小、相对丰度和亚单位组成。蛋白质复合体在时间和空间上以各种复杂程度组织和维持细胞和细胞器的功能，包括细胞的发育和分裂、转录和翻译、呼吸和光合作用、运输和代谢。蛋白质复合物可能会出现部分和暂时的变化，以及不同的稳定性，使识别和分析非常困难。
在2D BN(或原生或高分辨率Clear Native)/SDS-PAGE分析中，蛋白质或蛋白质复合物样品在原生条件下分离，在一维BN-PAGE(或原生PAGE或高分辨率Clear Native PAGE)中分离。考马西蓝染料带负电荷，非特异性地与所有蛋白质结合，用于BN-PAGE(或原生PAGE或高分辨率透明原生PAGE)。考马斯蓝并没有充当清洁剂的作用，它保留了蛋白质复合物的结构。此外，考马斯蓝的结合降低了蛋白质在电泳堆积阶段的聚集倾向。因此，样品的电泳迁移率是由结合的考马斯蓝的负电荷和复合物的大小和形状决定的。
对于2D BN(或原生或高分辨率Clear Native)/SDS-PAGE，蛋白和蛋白复合物样品经BN-PAGE(或原生PAGE或高分辨率Clear Native PAGE)分离后，在凝胶条中通过SDS变性后再应用于2D SDS-PAGE凝胶。
结合的第一个维度BN-PAGE(或Native-PAGE或高分辨率清晰本地页面)和第二维度SDS-PAGE,单体的蛋白质会迁移双曲对角由于在第一和线性梯度凝胶凝胶在第二个维度,而蛋白质复合体的组件位于低于这条对角线。表示同一蛋白质复合物亚基的蛋白质可以在第2维的一条垂直线上找到，而同一蛋白质在水平线上的几个点表示该蛋白质在几个不同的蛋白质复合物中存在。
2D BN(或天然或高分辨率的透明天然)/SDS-PAGE可以提供样品的尺寸、数量、蛋白质组成、化学计量和相对丰度等信息，已被证明是研究蛋白质复合物的有用工具。
